冷庫的庫房是進行食品冷加工和長期存放食品的地方，因而對庫房的衛生管理是整個冷庫管理的中心環節。

空氣本身雖然不是微生物發育的適宜環境，但由于空氣不斷地流動，常能帶動和散布大量的塵埃和微生物的孢子，因而在冷庫內通風道的木板表面上、排管上的霜層中和庫房的死角處都會污染大量的微生物，必須經常進行消毒。空氣通過空氣冷卻器時，可以除去空氣中的塵埃和微生物孢子數量的60%~80%。這樣微生物孢子就可能附著在空氣冷卻器的霜層上或濕式空氣冷卻器的鹽水中。為了控制微生物的污染，必須對空氣冷卻器進行定期的清掃和消毒。在冷庫的庫房內，霉菌較其他微生物繁殖得更快些，并極易侵害食品，所以殺滅霉菌是庫房衛生工作的首要任務。

冷庫常用的消毒方法有物理法和化學法。物理消毒法有熱消毒法、紫外線消毒法、電離輻射法、微波法等。最常用是熱消毒法和紫外線消毒法。化學消毒法是指利用化學藥物殺滅病原微生物的方法。